După experiența sa chinuitoare cu Udo Jin-e, pacea lui Kenshin Himura este spulberată de sosirea lui Hajime Saito, fostul căpitan Shinsengumi care și-a asumat un pseudonim în cadrul forțelor de poliție din Tokyo. Cu libertatea lui Megumi Takani atârnând în balanță, Kenshin află că este recrutat într-o operațiune sub acoperire în Kyoto. Acolo, Kenshin se confruntă cu o mică armată sub comanda lui Hitokiri Battosai, un om considerat o amenințare suficient de semnificativă la adresa stabilității guvernului Meiji încât au încercat să-l ardă de viu: Makoto Shishio.